<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<sbml xmlns="http://www.sbml.org/sbml/level2" level="2" version="1">
  <model name="N-assimilation model">
    <notes>
      <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
        <body>
          <p>This is only for the WT. Parameter values can be different for mutants</p>
          <p>MAL,KG,NH3out concentrations are constant. This is for sbml output only.</p>
        </body>
      </html>
    </notes>
    <listOfReactions>
      <reaction id="vgs" name="vgs" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLU"/>
          <speciesReference species="NH3int"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="GLN"/>
        </listOfProducts>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GS"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <divide/>
                  <apply>
                    <plus/>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> V_GS </ci>
                      <ci> GS </ci>
                    </apply>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> V_GSAMP </ci>
                      <apply>
                        <minus/>
                        <ci> GStot </ci>
                        <ci> GS </ci>
                      </apply>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> K_GS_GLU </ci>
                    <ci> K_GS_NH3 </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <minus/>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> NH3int </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLN </ci>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> KeqGS </ci>
                      <ci> ATPtoADPPi </ci>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> NH3int </ci>
                    <ci> K_GS_NH3 </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> K_GS_GLU </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLN </ci>
                    <ci> K_GS_GLN </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vgog" name="vgog" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLN"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="GLU" stoichiometry="2"/>
        </listOfProducts>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="ASP"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> V_GOG </ci>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> K_GOG_GLN </ci>
                    <ci> K_GOG_KG </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <minus/>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> GLN </ci>
                    <ci> KG </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> KeqGOG </ci>
                      <ci> NADPHtoNADP </ci>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLN </ci>
                    <ci> K_GOG_GLN </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> ASP </ci>
                    <ci> K_GOG_ASP </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> K_GOG_GLU </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> KG </ci>
                    <ci> K_GOG_KG </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> K_GOG_GLU </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vgdh" name="vgdh" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="NH3int"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="GLU"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> V_GDH </ci>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> K_GDH_KG </ci>
                    <ci> K_GDH_NH3 </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <minus/>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> KG </ci>
                    <ci> NH3int </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> KeqGDH </ci>
                      <ci> NADPHtoNADP </ci>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> NH3int </ci>
                    <ci> K_GDH_NH3 </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> KG </ci>
                    <ci> K_GDH_KG </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> K_GDH_GLU </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vast" name="vast" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLU"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="ASP"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> V_AST </ci>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> K_AST_OA </ci>
                    <ci> K_AST_GLU </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <minus/>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> MAL </ci>
                    <ci> KeqMDH </ci>
                    <ci> NADtoNADH </ci>
                    <ci> GLU </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> ASP </ci>
                      <ci> KG </ci>
                    </apply>
                    <ci> KeqAST </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <times/>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <times/>
                      <ci> MAL </ci>
                      <ci> KeqMDH </ci>
                      <ci> NADtoNADH </ci>
                    </apply>
                    <ci> K_AST_OA </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> ASP </ci>
                    <ci> K_AST_ASP </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> KG </ci>
                    <ci> K_AST_KG </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <ci> GLU </ci>
                    <ci> K_AST_GLU </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vnh3diff" name="vnh3diff" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="NH3int"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> K_DIFF </ci>
              <apply>
                <minus/>
                <ci> NH3out </ci>
                <ci> NH3int </ci>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vat" name="vat" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GS"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
          <modifierSpeciesReference species="PII"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> V_AT </ci>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> GS </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> GS </ci>
                  <ci> K_AT_GS </ci>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> PII </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> PII </ci>
                  <apply>
                    <times/>
                    <ci> K_AT_PII </ci>
                    <apply>
                      <plus/>
                      <cn type="integer"> 1 </cn>
                      <apply>
                        <divide/>
                        <ci> KG </ci>
                        <ci> K_AT_KG </ci>
                      </apply>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> GLN </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> GLN </ci>
                  <ci> K_ATAR_GLN </ci>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="var" name="var" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="GS"/>
        </listOfProducts>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
          <modifierSpeciesReference species="PII"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> V_AR </ci>
                <apply>
                  <divide/>
                  <apply>
                    <minus/>
                    <ci> GStot </ci>
                    <ci> GS </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <plus/>
                    <apply>
                      <minus/>
                      <ci> GStot </ci>
                      <ci> GS </ci>
                    </apply>
                    <ci> K_AR_GSAMP </ci>
                  </apply>
                </apply>
                <apply>
                  <divide/>
                  <apply>
                    <minus/>
                    <cn type="integer"> 1 </cn>
                    <ci> PII </ci>
                  </apply>
                  <apply>
                    <plus/>
                    <apply>
                      <minus/>
                      <cn type="integer"> 1 </cn>
                      <ci> PII </ci>
                    </apply>
                    <ci> K_AR_PIIUMP </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <cn type="integer"> 1 </cn>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> GLN </ci>
                  <ci> K_ATAR_GLN </ci>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vut" name="vut" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="PII"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <apply>
                <times/>
                <ci> V_UT </ci>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> PII </ci>
                  <apply>
                    <plus/>
                    <ci> PII </ci>
                    <ci> K_UT_PII </ci>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <plus/>
                <cn type="integer"> 1 </cn>
                <apply>
                  <divide/>
                  <ci> GLN </ci>
                  <ci> K_UTUR_GLN </ci>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vur" name="vur" reversible="false">
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="PII"/>
        </listOfProducts>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <times/>
              <ci> V_UR </ci>
              <apply>
                <divide/>
                <apply>
                  <minus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <ci> PII </ci>
                </apply>
                <apply>
                  <plus/>
                  <apply>
                    <minus/>
                    <cn type="integer"> 1 </cn>
                    <ci> PII </ci>
                  </apply>
                  <ci> K_UR_PIIUMP </ci>
                </apply>
              </apply>
              <apply>
                <divide/>
                <ci> GLN </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <ci> GLN </ci>
                  <ci> K_UTUR_GLN </ci>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vgluf" name="vgluf" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLU"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <cn> 347 </cn>
              <apply>
                <times/>
                <ci> tau </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vglnf" name="vglnf" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLN"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLU"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <cn> 107.9 </cn>
              <apply>
                <times/>
                <ci> tau </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vglnn" name="vglnn" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLN"/>
        </listOfReactants>
        <listOfProducts>
          <speciesReference species="GLU"/>
        </listOfProducts>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <cn> 882 </cn>
              <apply>
                <times/>
                <ci> tau </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vasp" name="vasp" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="ASP"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
          <modifierSpeciesReference species="GLU"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <cn> 658 </cn>
              <apply>
                <times/>
                <ci> tau </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
      <reaction id="vglun" name="vglun" reversible="false">
        <listOfReactants>
          <speciesReference species="GLU"/>
        </listOfReactants>
        <listOfModifiers>
          <modifierSpeciesReference species="GLN"/>
        </listOfModifiers>
        <kineticLaw>
          <math xmlns="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
            <apply>
              <divide/>
              <cn> 2388 </cn>
              <apply>
                <times/>
                <ci> tau </ci>
                <apply>
                  <plus/>
                  <cn type="integer"> 1 </cn>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLU </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                  <apply>
                    <divide/>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> KgrowthGLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                    <apply>
                      <power/>
                      <ci> GLN </ci>
                      <cn type="integer"> 2 </cn>
                    </apply>
                  </apply>
                </apply>
              </apply>
            </apply>
          </math>
        </kineticLaw>
      </reaction>
    </listOfReactions>
  </model>
</sbml>
