Detail View - Data AccessID 102
General Information
| Manuscript title | Effect of a single-gene knockout on the metabolic regulation in Escherichia coli for D-lactate production under microaerobic condition. |
| PubMed ID | 15781419 |
| Journal | Metabolic Engineering |
| Year | 2005 |
| Authors | Jiangfeng Zhu, Kazuyuki Shimizu |
| Affiliations | Department of Biochemical Engineering & Science, Kyushu Institute of Technology, Iizuka, Fukuoka 820-8502, Japan. |
| Keywords | Escherichia coli, Enzyme activity, Metabolite concentration, Metabolic flux analysis, Lactate production, Pyruvate metabolism |
| Full text article |
Zhu_2005.pdf
|
| Project name | not specified |
Experiment Description
| Organism | Escherichia coli |
| Strain | BW25113, pflA, pta, ppc, adhE and pykF mutants |
| Data type | enzyme/protein concentrations |
| Data units | mmol/min mg protein |
| Execution date | not specified |
Experimental Details
| Temperature (°C) | 37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pH | 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Carbon source | glucose | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Culture mode | batch | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Process condition | aerobic | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dilution rate (h⁻¹) | — | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Working volume (L) | 1.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Biomass concentration (g/L) | Cell dry weight was determined by measuring the optical density at 600 nm. See worksheet. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Medium composition | not specified |
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| General protocol information |
Measurement method:
colorimetric assays |
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| Methods description - Notes | The culture broth with a volume corresponding to about 100 mg (dry weight) of cells was centrifuged (4 °C, 10 min at 10,000×g) and washed twice with 20 mM Tris-HCl buffer (pH at 7.0). Cells were resuspended in Tris (100 mM) -HCl buffer (pH at 7.0) containing KCl (20 mM), MnS
...
O4 (5 mM), DTT (2 mM) and EDTA (0.1 mM). Cell disruption by sonication (five cycles of 30 s with 1 min cooling periods) was followed by the removal of cell debris by centrifugation for 10 min at 10,000×g at 4 °C. The supernatant was used for all enzyme assays. The protein concentration of extracts was determined by the Lowry's method [1] with bovine serum albumin used as the standard.
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| Data file |
KIMODATAID102_v4.xlsx
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| Alternative format(s) |
no file uploaded | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Export metadata |
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Cite Data EntryID 102
| APA |
KiMoSys (https://kimosys.org). (2020, November 3). Data EntryID 102 (Escherichia coli). https://doi.org/10.34619/24cm-8d34
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| MLA |
KiMoSys (https://kimosys.org). "Data EntryID 102 (Escherichia coli)." 2025, https://doi.org/10.34619/24cm-8d34
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| ISO-690 |
KiMoSys (https://kimosys.org). Data EntryID 102 (Escherichia coli). [online], [Accessed 3 November 2025]. Available from: https://doi.org/10.34619/24cm-8d34
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| BibTeX |
@misc{ KiMoSysDataEntryID102,
author = "{KiMoSys (https://kimosys.org)}",
title = "Data EntryID 102 (Escherichia coli)",
url = https://doi.org/10.34619/24cm-8d34",
doi = "10.34619/24cm-8d34",
note = "[Online; accessed 3-November-2025]"
}
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Entered by:
Administrator KiMoSysFirst name: Administrator
Affiliation: INESC-ID/IST
Homepage: http://kdbio.inesc-id.pt/kimosys
Interests: mathematical modeling, accessible data, use of data
Created: 2018-07-20 13:04:40 UTC
Updated: 2020-09-01 20:52:16 UTC
Version: 4
Status: (reviewed) 2018-07-20 13:15:12 UTC
Views: 372
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